私の家は銅の樋を使用しているのに穴が開いてしまっているのですが、何故なんでしょうか？

はい、考えられるのは、酸性雨の影響により瓦の表面の溶剤を溶かしてしまい、その雨が銅の樋に穴を開けてしまうと考えられます。

穴が開くと交換するしかないですが、もし、穴が開く前であれば、酸性雨に影響されにくい塗料を塗布することで対応できます。